在成本上，目前燃料电池在美国大概是每千瓦1500美元一2000美元，而国内100瓦的燃料电池也需要1万元人民币。通常来讲，笔记本电脑和手机分别需要20瓦和1.5瓦的电池。燃料电池所需要的催化剂非常昂贵，也使得燃料电池在成本上尚无法和锉电池和铿聚合物电池相抗衡。
另外，小型化也是燃料电池的关键瓶颈之一，由于燃料电池是一个电池系统，需要燃料盒等辅助部件，因此如何将燃料电池的辅助部件整合到电池系统中去，同时又不致于过多地增加功耗、尺寸和重量，也是个不小的难题。更何况，燃料电池的燃料甲醇也因其为有毒物质，不少地方还是禁止带上飞机。可以说任何人对这些问题中的任何一点的突破，都将预示着大笔的财富（知识产权）将会在未来得到兑现。
另外，由于燃料电池取代锉电池还不切实际，不少专家认为，结合锉电池和直接甲醇燃料电池的混合式供电系统将成为未来便携式电子产品的主流。比如台湾胜光科技产品技术处的处长claivnSuh解释为，电池供电有两种基本特性。一是能量密度，一是功率密度。
由于燃料电池就好像一台微型发电机一样，它的能量密度较高，能够长时间稳定地供电。不过，它的功率密度较低，又必须借助锉电池供电。而且，燃料电池可以在手机处于空闲状态时给铿离子电池充电。索尼铿电池之父西美绪同时也提醒，混合型电池系统的一个必要前提便是，必须成功降低燃料电池的生产成本。
杜邦燃料公司预测，2007年燃料电池市场将真正启动。市场研究机构ABIReseareh的报告也指出，2004年到2006年将是燃料电池原型展示、产业供应链形成的阶段，2006年至2008年则开始有早期采用的产品出现，包括笔记本电脑和手机等。到2008年，就将进人到甲醇燃料电池大量生产的阶段，市场开始正式起飞。AIB甚至预测，2008年燃料电池的出货量将达到4000万个。
