一、制氢成本较高。目前我国制氢纯度较高的方式分别是化学制作和电解水，但是这两种制氢技术的成本都比较高，且利用率也未达理想状态。而工业副产的大量氢气，目前也存在提纯难度大等问题。
二、安全系数有待提升。有关专家认为，氢气本身非常容易爆炸，而氢燃料动力电池在碰撞的过程中，如何保证其安全性，防止严重的事故发生，也是值得深思的问题。
三、基础设施建设还待完善。有业内人士指出，为更好地保证氢气在分配、储存、运输等环节的顺利进行，目前我国还需进一步加大在基础设施建设方面的投入。相较于电动汽车充电桩的建设，加氢站在加氢技术和建设要求上也更具难度。
四、技术优势不明显。我国科学院院士欧阳明高曾表示，目前我国制氢使用的还是一百年前的技术。据悉，美国和日本在燃料动力电池产业的投入已持续半个世纪，技术和工程化基础相对牢固，当前我国在关键环节的研发力度还有待加强。特别是在膜电极和双极板等方面的设计上，与国外成熟的技术体系还存在一些差距，而假如大量依靠进口，则不利于生产成本的控制。
五、产业化进程较慢。目前我国氢燃料动力电池缺乏明确的技术方向，这也导致了很多公司和资本短时间内对其保持观望的态度。关于氢燃料动力电池可能存在的技术风险，部分公司在扩产规划上也比较谨慎。这就造成了眼下氢燃料动力电池行业热度很高，但产业化推进速度较为缓慢。
同时，有关氢燃料动力电池输出受限因素多、高压储氢罐研发难度大、零部件国产化程度低、是否具备产业化条件以及如何回收利用等问题，也是当前我国氢燃料动力电池在成长道路上亟待解决的问题。
