长期以来，由于公众对氢能缺乏足够的了解，对氢燃料动力电池汽车的安全尚有疑虑，形成了谈氢色变的氛围，这成为限制氢燃料动力电池汽车产业快速发展的一大因素。
人们已经习惯于将汽油作为燃料，对氢气这种燃料缺乏了解，假如采取必要的措施，氢气的安全是可以保障的。我国工程院院士衣宝廉表示。
氢气的特性可以简单概括为易燃易爆、风险可控。氢气是易燃易爆品，有一定的可燃范围和爆炸范围，无色无味，人们凭感官无法发觉氢气的泄漏，这成为人们对其心生恐惧的重要原因之一。但氢气并非不可捉摸，其安全风险是可控的。
氢气是世界上已知的密度最小的气体，氢气的密度只有空气的十四分之一，在空气中扩散速度快，其向上扩散速度是氮气的2倍，天然气的6倍。因此，除非受到屋顶、通风差的屋子或其他充有上升气体的场所限制，氢气的特性会防止它聚集在泄漏处周围。
在氢燃料汽车和汽油车爆炸比较试验中，由于氢气的密度非常低，从燃料罐溢出之后会迅速上升扩散，即便着火，也是发生在气源的上方，离车内乘员较远。而汽油车一旦爆炸，液态的汽油会直接在车内燃烧。
衣宝廉表示，氢燃料动力电池的发电原理跟锂离子电池、锌锰干电池相同，具有效率高的优点。氢燃料动力电池的工作方式跟内燃机相同，电池发电部分和储能部分是分开的，出现问题只要把氢气和电池切断，就不会燃烧和爆炸，所以氢燃料动力电池从整体上讲是安全的。
国金证券分析认为，与锂离子电池车辆相比，氢燃料动力电池车的安全性也处于上风。锂离子电池车辆最大的安全隐患就是发生自燃或者火灾，一旦锂离子聚合物燃烧，将不断发生链式反应，出现新的气体状锂离子聚合物，从而加剧燃烧的剧烈程度。
相比之下，由于氢气爆炸要求浓度高，在爆炸前一般就已经开始燃烧，反而很难爆炸。而且氢气重量轻，溢出系统的氢气着火后会迅速向上升起，反而一定程度上保护了车身和乘客。同时，现在车用储氢装置采用的铝合金内胆碳纤维缠绕的储氢瓶安全系数很高，在80km/h速度多角度碰撞测试中都可以做到毫发无损。
