一、关键技术难攻克
了解燃料动力电池电堆部件的人，对燃料动力电池的核心技术质子交换膜不会陌生，然而截至目前，全球能够商业化供应氢燃料动力电池质子交换膜材料的公司除了美国杜邦，再无他家。日本境内也有一家公司同样可以生产，但出于众所周知的原因，这家公司拒绝对任何国家销售该产品。
二、成本过高
1、燃料动力电池车相对独立复杂的动力系统直接导致燃料动力电池车的成本新增。比如：丰田Mirai售价6.9万美元，远高于其他动力形式的同级别车辆。
2、数据显示，目前，建成一座加氢能力大于200公斤的加氢站要1000多万元，如此高昂的建设成本显然是加氢站快速发展的最大障碍。
3、在目前技术条件下，氢燃料动力电池的催化剂是铂金。铂金全世界产量很低且价格昂贵（大概是黄金的2倍），全球年产量约为两百吨，60%还被用作首饰材料。而且铂作为催化剂对氢气纯度要求较高，要达到99.99%以上。
三、安全问题
燃料动力电池加氢的背后，要一整套氢能源生产和运输网络作为支撑。氢气本身的安全问题、加注氢燃料时的安全及操作过程中的安全问题都要解决好。普遍来说，加氢站储氢装置应该满足能承受高压、具备在线监测功能、发生危险自动报警、良好的经济性要求。显然，满足这些要求的加氢站在初期的建设成本不会低。
国内陆续出台燃料动力电池扶持政策、仍不被专家看好
得益于国家的政策利好及支持，我国的燃料动力电池汽车技术已初步掌握了整车、动力系统与核心部件的核心技术，基本建立了具有自主知识产权的燃料动力电池轿车与燃料动力电池城市客车动力系统技术平台。在产业链配套，我国初步形成了燃料动力电池发动机、动力锂电池、DC/DC变换器、驱动电机、供氢系统等关键零部件的配套研发体系，实现了百辆级动力系统与整车的生产量力。当前具有动力系统平台整车适配、电电混合能源动力控制、车载高压储氢系统、工业副产氢气纯化利用的技术特点。
在十二五规划期间，同济大学与一汽集团、东风汽车、奇瑞汽车和长安汽车分别打造了燃料动力电池轿车。2018年六月十四日，同济大学与嘉兴市政府、嘉兴秀洲区政府共建新能源汽车产业基地项目在上海同济大学签约。三方将在嘉兴市秀洲区共同推进成立新能源汽车研发及生产项目。新能源汽车产业基地包括以下四部分：（一）同济大学（嘉兴）新能源汽车研究院。（二）商用车、乘用车生产制造基地。（三）氢能产业基地。（四）氢能源应用项目。其中，新能源汽车研究院作为同济大学二级非独立法人研究机构，将下设5个研发中心：氢燃料动力总成研发中心、智能网联系统研发中心、商用车整车研发中心、乘用车研发中心、国际氢能源合作研发中心。
上汽集团则制定了燃料动力电池汽车发展的五年规划，以新源动力为燃料动力电池电堆供应商，开始投入大量资金研发燃料动力电池汽车。据OFweek产业研究院统计数据显示，2017年一月至今，全国共生产150辆氢燃料客车，其中北汽福田汽车股份有限公司和上海汽车商用车有限公司共占据84%的市场份额。
2018年六月十四日，广东省人民政府公布《有关加快新能源汽车产业创新发展的意见》，该意见指出，全力推进公交电动化(含氢燃料动力电池汽车)，这是继北京、上海、苏州、武汉等地之后，又一个公布了氢燃料动力电池汽车相关政策的省市。同时，大同、青岛、扬州等地也正在酝酿扶持氢燃料动力电池发展的相关规划。
