在功能上，燃料动力电池要比锂离子电池稍好一些，锂离子电池的功能会应各方面原因受限，使用寿命燃料动力电池要高上好几年。
在本钱上，肯定是锂离子电池更具优势，燃料动力电池本钱不仅是自身电池材料本钱，还需燃料本钱，且燃料动力电池材料本钱也要高锂离子电池好几倍。
在环保上，锂离子电池是在生产过程中和回收阶段会有高污染，而燃料动力电池不会，且在使用过程中因为使用的是氢与空气焚烧，只会出现水。
在使用范围上，锂离子电池一般都是在手机、电脑、数码相机等电子产品中使用，关于能量密度要求低。燃料动力电池重要是在特种范畴、轮船、列车等需能量密度高的范畴使用，可完美代替的柴油或汽油燃料，减少空气污染。
