燃料动力电池的种类按不同的方法可大致分类如下：
1.按燃料动力电池的运行机理分。
分为酸性燃料动力电池和碱性燃料动力电池。
2.按电解质的种类不同，有酸性、碱性、熔融盐类或固体电解质。
因此，燃料动力电池可分为碱性燃料动力电池（AFC）、磷酸燃料动力电池（PAFC）、熔融碳酸盐燃料动力电池(MCFC)、固体氧化物燃料动力电池（SOFC）、质子交换膜燃料动力电池（PEMFC）等。
3.按燃料类型分。
有氢气、甲醇、甲烷、乙烷、甲苯、丁烯、丁烷等有机燃料，汽油、柴油和天然气等气体燃料，有机燃料和气体燃料必须经过重整器"重整"为氢气后，才能成为燃料动力电池的燃料。
4.按燃料动力电池工作温度分。
有低温型，温度低于200℃；中温型，温度为200～750℃；高温型，温度高于750℃。
另一类是在高温（600～1000℃）下工作的燃料动力电池，例如熔融碳酸盐燃料动力电池（MCFC）和固体氧化物燃料动力电池（SOFC），这类的燃料动力电池不要采用贵金属作为催化剂。但由于工作温度高，要采用复合废热回收装置来利用废热，体积大，质量重，只适合用于大功率的发电厂中。
