依据电解质的不同，燃料电池(FuelCell,FC)分为碱性燃料电池（AFC）、磷酸型燃料电池（pAFC）、熔融碳酸盐燃料电池（MCFC）、固体氧化物燃料电池（SOFC）及质子交换膜燃料电池（pEMFC）等。其中属于碱性燃料电池的只有AFC一种，而其余的燃料电池均属于酸性燃料电池。可用于汽车的一般是pEMFC。
燃料电池的电极反应式与其电解质的酸碱性紧密联系。
当电解质溶液接近中性时：
负极：2H2-4e=4H+正极：O2+4e+2H2O=4OH-
当电解质溶液呈酸性时：
负极：2H2-4e=4H+正极：O2+4e+4H+=2H2O
当电解质溶液呈碱性时：
负极：2H2-4e+4OH-=4H2O正极：O2+4e+2H2O=4OH-
注意所有的电子e都省略了负号上标，书写时应当加上。燃料电池的排出物只有水，没有二氧化碳等温室气体或氮氧化物等有毒气体。因此说燃料电池汽车有着良好的环保性能。
