1.氢气的来源问题。
氢气不像氮气和氧气是空气中的最主要组成因素，想得到氢气可以通过电解水，但这可是个不太经济的方法，能量损失极大！你想，先从电解水开始，耗费电能，产生氢气，氢气再发电过程中还会有能量损失；电解水的电现在也是以煤电为主发出来的吧，烧煤发电也会有能量损失。
2.金属铂的稀缺。
在氢燃料电池发电的过程中会用到金属铂作为催化剂。这种金属就是咱结婚买戒指那个比24K金更贵的那个铂，它少啊，它贵啊，那么大规模生产氢燃料电池，这个铂就是瓶颈，完全没有规模化后成本减少的效应，反而需求越多越贵，这可怎么办好？
3.氢气的安全性。
有人说带着氢气瓶就像带个氢弹，到底这个氢气瓶会不会爆炸啊？氢气是最轻的气体，它的扩散性极强，氢的扩散系数比空气大3.8倍，比汽油大7.5倍，由此可以证明氢比汽油安全是有根据的。所以少量的氢气泄漏，可以在空气中很快被稀释成安全的混合气。氢气的比重小，易向上逃逸，这使得事故时氢气的影响范围要小得多。
4.制造和使用绿色氢气的费用更高。
燃料电池汽车的主要问题是，制造驱动它们的氢气燃料要消耗比普通电动汽车更多的能源。污染也是个很严重的问题。除了甲烷转化，获得绿色氢气的唯一可行的方式是通过电解。但坦白讲，这一过程中消耗的电可以更好地用在普通电动汽车上。
氢燃料电池汽车中国还没有准备好
国内氢燃料电池汽车研究开发已有15年左右历史。在国家《节能与新能源汽车产业发展规划（2012—2020年）》中明确：氢燃料电池汽车与国际同步发展。但是，近年来，国内氢燃料电池汽车发展水平与先进国家比差距加大，主要体现在：氢燃料电池总体上处于工程化开发阶段，功率特性、冷启动、可靠性等主要技术性能指标与世界标杆产品比还有很大差距，关键技术领域所拥有的专利数目不多，技术标准未形成体系，成本居高不下，产品基本不具备商业化条件。
差距加大的主要原因是相比电动汽车，氢燃料电池汽车技术门槛高，需要巨额投入，而我们技术和产业基础薄弱，资金和技术力量投入严重不足，技术链不完善，产业化能力较弱，除上汽外，大多数整车企业在氢燃料电池汽车方面没有开展实质性研发和产业化准备。催化剂、双极板等关键材料领域和高压储氢罐、空压机、氢循环泵等关键零部件基本不具备产业化能力，产业链尚未形成。
尽管如此，氢燃料电池汽车也已经量产，并已开始售卖。丰田氢燃料电池车Mirai在海外的起价为57500美元（约合人民币35.7万元），但是在联邦和州政府刺激之下降至45000美元（约合人民币27.9万元）以下。在美国可以采用分期付款的形式每月499美元36个月付清。除此之外，丰田和本田还将向买家免费提供三年氢气。各大汽车公司还计划逐步增加氢气燃料站数目。
相对于环保省钱的电动汽车，氢气燃料电池汽车或许现在还无可比拟。但在消费者的心中，实用也很重要的：燃料电池汽车加满燃料的时间更短，行驶的距离更远。而且，氢气燃料电池汽车还处于早期阶段，充电式电动汽车在10年前也存在许多看似无法克服的问题，而现在各国境内都已经有很多电动汽车。所以，我们对氢燃料汽车的未来充满信心。
