该磷酸然料电池使用的燃料是用猪粪发酵产生的沼气，由于所制气体中含有一定量的硫化氮，而硫化氢对电池的催化剂有严重的毒化作用，因此我们藉要采取措施将硫化氮去除。目前，脱硫技术可以分为两种：物理化学脱硫技术和生物脱硫技术。本电站综合利用了以上两种方法。先经过生物脱硫将沼气中大部分的H2s以及C02等除去，然后采用干式脱硫，进一步降低沼气中H2s的含量，同时通过吸附作用降低燃料中的其它杂质，以满足PAFC的然料要求。
生物脱硫是利用发醉液中的各种徽生物（以硫磺氛化细菌为主），在徽饭的条件下将H2s氛化成单质硫和硫酸,硫磺氛化细菌是好氧性细菌。因此，在进行生物脱硫前，沼气应预先通过鼓风机注入徽量的空气（氧气），使其处于好载状态。
生物脱硫方式的脱硫工艺流程：从沼气发酵柑内导出的气体进入生物脱硫塔，同时从发醉擂内抽出部分发酵液，用泵将发酵液从生物脱硫塔的底部抽到顶部进行琳洒，发醉液的作用有两个：第一，发酵液当中含有很多徽生物，与沼气中的硫化复作用后，能够生成含有硫单质的细菌，存在于生物脱硫塔内部的填充层里，这种细菌是好载性细菌。如果没有与硫化氮相遇，可以消耗自身成为硫酸，通过发醉液的循环而排放出去；另外，由于猪粪污水经过发眯后，水溶液中含有大量的氮类物质，能够除去发醉气体中大约40%左右的CO2，同时还可以与生成的硫映反应生成硫映按（肥料成分）。
发醉液经过循环后，当其pH值达到5以下时，就墓本上失去了脱硫的作用，铸要重新更换，原来的度水则流到调整枪等待好氧处理。
在去除了硫化氮与二氛化碳以后，甲烷的含量有所提高，同时一氛化碳的含量开始时就为零，可以防止磷酸燃料电池中阳极铂催化剂的中毒，这样羞本上可以满足磷酸然料电池对气体然料的要求。
