当下制约燃料电池产业发展主要有两大瓶颈：燃料电池组成本过高和加氢站数量少。
加氢站建设是目前迫切需要解决的问题。从世界范围看，截至2017年底，全球运行的加氢站328座，亚洲119座，欧洲139座，北美68座。其中，日本91座，德国45座，美国40座。到2018年底，国内共建成加氢站12座并投入运营，在建的加氢站33座。这一数字距离2020年目标建成100座仍相差较大。
上海氢能利用工程技术研究中心副主任吴浩洪认为，加氢站建设在规划、核准等政策方面缺乏顶层设计。由于行业归类不明确，导致政府职能部门操作无依据，产业发展出现盲目跟风和无序发展等问题。
建设成本高企也是企业不愿投入加氢站的重要原因。据中国证券报记者了解，目前一座可供10辆燃料电池公交车使用的加氢站，建设费用大约为800万元。
宇通客车公交新能源产品部一位燃料电池开发工程师告诉中国证券报记者，由于燃料电池车辆较少，加氢需求不多，投资回报周期较长，企业不愿意在加氢站方面做过多投放。而资质审批主管单位不明确、审批手续较为繁琐也限制了加氢站建设。目前的土地资源对加氢加油、加氢加气合建站有国家标准，但在国内还没有实施案例。采取合建站的形式可以有效解决土地资源的问题。
清华工业开发研究院副院长朱德权认为，油氢混合站是未来的发展方向。“中国的土地这么贵，一个加氢站建下来怎么受得了，所以油气混合站是未来。目前工研院在推动此事，中石化在北京正在规划建设一个油气混合示范站。”
目前，中石化等能源企业正在介入这一领域。《中国氢能与燃料电池年度报告2018》显示，在国内已经建成和正在建设的加氢站中，加氢站的投建单位除了主营业务为加氢设备技术研发相关的企业外，还有8座加氢站的投建单位为传统能源化工企业。中石化集团在加氢站建设方面正在做总体部署和安排，将利用油站网络、安全生产管理经验以及石化资源和制氢技术进行氢能供应。2018年10月，中石化与亿华通签订了《战略合作框架协议》，双方将在氢气供应、车辆加氢、加氢站运营等方面展开全面深入合作。
燃料电池组的成本方面，产量低直接导致了燃料电池组的单价居高不下。目前，国内车用燃料电池成本高达5000元/kW以上，整车成本远高于动力电池汽车和燃油车。多位业内人士表示，随着生产规模的扩大，未来燃料电池汽车成本有望和燃油车的成本相当，甚至比动力电池汽车更低。
国家发改委能源研究所助理研究员刘坚表示，电堆是燃料电池成本的主要组成部分。电堆中除铂催化剂外，其他材料包括石墨、聚合物膜、钢等，几乎不存在类似于锂、钴、镍等稀缺材料对锂电池成本的刚性限制。此外，单位功率铂用量可大幅下降，且铂可以回收利用，将有效降低电堆成本。
