作为未来最理想的节能技术，燃料电池技术产业化以及商业化仍面临不小的挑战，燃料电池汽车商业化应用面临的挑战归为以下几类：
第一，标准类。燃料电池汽车有着长续航的优越特性，长续航就意味着要带更多的氢气，而目前在储氢系统这块70Mpa的氢系统标准亟待突破。
物流领域应用，对于终端用户来说他们更在意运营成本，使用需要企业在氢气的储运方面加强技术研发。同时，燃料电池整车的相关标准也需要完善。
第二，资源类。
一是加氢站设施的建设，燃料电池汽车商业化应用离不开加氢站设施的配套建设，现阶段加氢站无论是在审批和用地上都有极大的压力。
二是燃料电池系统零部件自主化，实现燃料电池系统的关键零部件的自主开发和国产化，是降成本的一个关键路径，这一块需要供应链、零部件厂商来大力支持。
三是政策导向的市场压力，当前新能源汽车市场是补贴驱动的市场，在没有补贴或者补贴退坡以后，这个压力其实也是必须承受的，也是必须有解决方案的。
第三，认知类。一是与氢气安全相关的过度解读，长期以来，由于公众对于氢能缺乏足够的了解，对氢燃料电池汽车的安全尚有疑虑，这也是氢燃料电池汽车产业目前难以快速发展的一大因素。
二是燃料电池技术的社会科普性，尽管燃料电池也叫“电池”，它是有别于储能电池的，它实际上是一个发电装置，它的能量其实存储在储氢系统里面的。三是全球技术路线的多元化，现阶段燃料电池仍处于发育期，市场尚未形成规模，企业在技术路线上还不清晰。专家认为，未来燃料电池在技术路线上尚需确定1-2条非常明晰的技术路线。
作为新能源汽车产业的一支新秀，燃料电池汽车在技术研发、配套设施建设和大规模商业化应用上仍有很长的路要走。面对上述挑战，需要企业、政府和社会共同参与，一起推进燃料电池汽车产业的发展。
