(1)节能、转换效率高、不需要石油燃料
①除用汽油重整产生氢气外，其他(甲醇、碳氢化合物等)燃料基本不用石油燃料。由发动机经驱动系统到车轮的综合效率，内燃机汽车为11%左右,以氢气为燃料的FCEV实际效率达到50%～70%，用甲醇为燃料，经过重整产生氢气FCEV,实际效率达到34%,FCEV的实际效率大大地高于内燃机汽车。
②内燃机在额定功率附近才有最高效率，而在部分功率输出条件下运转,效率迅速降低。燃料电池在额定功率下的效率可以达到60%，而在部分功率输出条件下运转,效率可以达到70%，在过载功率输出条件下运转效率可以达到50%～55%。高效率随功率变化的范围很宽，在低功率下运行效率高，特别适合于汽车动力性能的要求。③内燃机过载能力低，在过载运转时容易“熄火”。燃料电池短时间的过载能力，可以达到额定功率的200%。非常适合汽车在加速和爬坡时动力性能的特性。
综合上述几点，燃料电池的节能，远远超过内燃机，而且稳定性和可靠性高于内燃机。
(2)排放达到零污染
内燃机排放废气中有害气体，对环境造成的污染是内燃机汽车的致命的缺点，尽管采取了各种各样的机内和机外的技术措施，只能是达到“低污染”的水平，由于内燃机汽车的数量庞大，即使是“低污染”也给地球环境带来巨大影响。用氢气作为燃料的燃料电池发动机主要生成物质为水和CO2，属于“零污染”。用碳氢化合物作为燃料的燃料电池发动机主要生成物质为水和CO2，CO等属于“超低污染”。出于对地球环境保护的要求和谋求新的能源，燃料电池发动机是比较理想的动力装置，并有可能逐渐取代石油作为车辆的主要能源。
(3)车辆性能接近内燃机汽车
内燃机的比功率约为300W/kg，目前燃料电池本体的比功率为700W/kg，功率密度1000W/L。如果包括燃料电池的重整器、净化器和附属装置在内，比功率为300～350W/kg，功率密度280W/L。在能量方面燃料电池与内燃机相接近，因此的动力性能可以达到内燃机汽车的水平。
(4)结构简单和运行平稳
①燃料电池发动机的能量的转换是在静态下完成，结构件构造简单，其加工精度要求比内燃机低得多。特别是质子交换膜燃料电池能量转换效率高，能够在低温条件下启动和运转，对结构件的耐热性能要求也不高。结构件大多数为板状和管件，没有运动零部件和各种摩擦副，没有因零部件磨损引起的故障，维修、保养方便。
②燃料电池发动机由多个单体燃料电池串联组成，可以配置成各种不同规格的系列燃料电池发动机组，可以装配在不同用途和不同型号的车辆上。在车辆上可以根据车辆的轴荷分配、车辆有效空间的利用等具体情况，灵活、机动地进行总布置。
③燃料电池发动机在运行过程中,噪声小、振动小,散热系统比内燃机简单得多,热管理系统也更加简单。产出物不需进行净化处理和消声处理,整个燃料电池系统容易实现自动化系统管理。
