燃料动力电池汽车的工作原理是，使作为燃料的氢在汽车搭载的燃料动力电池中，与大气中的氧发生化学反应，出现出电能发动电动机，由电动机带动汽车中的机械传动结构，进而带动汽车的前后万向轴、后桥等行走机械结构，转动车轮驱动汽车。
与传统汽车相比，燃料动力电池汽车与传统的内燃机驱动汽车在构造及动力传输等方面的不同，为汽车的整体设计提出了新的要求。传统内燃机汽车的发动机----变速器动力总成在燃料动力电池汽车中不复存在，取而代之的是燃料动力电池反应堆、蓄电池、氢气罐、电动机、DC/DC转化器等设备。而制动系统和悬架也相应变化。因此，根据燃料动力电池汽车自身特点，在设计时，应作相应的变化和改进。
燃料动力电池汽车具有以下优点：
1、零排放或近似零排放。
2、减少了机油泄漏带来的水污染。
3、降低了温室气体的排放。
4、提高了燃油经济性。
5、提高了发动机燃烧效率。
6、运行平稳、无噪声。
燃料动力电池的反应结果将会出现极度少的二氧化碳和氮氧化物，这类化学反应除了电能外的副产品出现水，因此燃料动力电池汽车被称为绿色的新型环保汽车。
