1、知识产权问题。
早的有关磷酸铁锂离子专利申请在1993年六月二十五日由FXMITTERMAIERSOEHNEOHG(DE)获得，并于同年八月十九日公布申请结果。磷酸铁锂离子的基础专利被德州大学所有，而碳包覆专利被加拿大人所申请。这两个基础性专利是无法绕过去的，假如成本中计算上专利使用费的话，那产品成本将会进一步提高。
2、产品一致性差。
目前国内还没有一家磷酸铁锂离子材料厂能够解决这一问题。从材料制备角度来说，磷酸铁锂离子的合成反应是一个复杂的多相反应，有固相磷酸盐、铁的氧化物以及锂离子盐，外加碳的前驱体以及还原性气相。在这一复杂的反应过程中，很难保证反应的一致性。
3、材料的制备成本与电池的制造成本较高，电池成品率低，一致性差。
磷酸铁锂离子的纳米化和碳包覆尽管提高了材料的电化学性能，但是也带来了其它问题，如能量密度的降低、合成成本的提高、电极生产性能不良以及对环境要求苛刻等问题。尽管磷酸铁锂离子中的化学元素Li，Fe与P很丰富，成本也较低，但是制备出的磷酸铁锂离子产品成本并不低，即使去掉前期的研发成本，该材料的工艺成本加上较高的制备电池的成本，会使得终单位储能电量的成本较高。
4、导电性差。
这个问题是其关键的问题。磷酸铁锂离子之所以这么晚还没有大范围的应用，这是一个重要的问题。但是，这个问题目前已经可以得到解决：就是添加C或其它导电剂。实验室报道可以达到160mAh/g以上的比容量。我们公司加工的磷酸铁锂离子材料在加工过程中已经添加了导电剂，不要制作电池时添加。实际上材料应该为：LiFePO4/C，这样一个复合材料。
5、振实密度较低。
一般只能达到1.3-1.5g/ml，低的振实密度可以说是磷酸铁锂离子的大缺点。这一缺点决定了它在小型电池如手机电池等没有优点。即使它的成本低，安全性能好，稳定性好，循环次数高，但假如体积太大，也只能小量的取代钴酸锂离子。这一缺点在动力锂离子电池方面不会突出。因此，磷酸铁锂离子重要是用来制作动力锂离子电池。
