①成本
成本高、制氢过程复杂成为燃料动力电池发展的重要障碍。氢气通过电解或蒸汽重组的办法得到。不过这两种办法成本颇高，制造同样质量的天然气所需的成本为制氢的1/2甚至1/3。
锂离子电池加工成本相对较低，此外其重复充电利用非常方便，相比其他可携带能源，其具有更高的成本效益。
②环境
燃料动力电池和锂离子电池对环境的影响都很小。前者燃烧产物为水，不会萌生汽油/柴油燃烧后生成的温室气体。锂离子电池的放电产物可能由氧化锂、氢氧化锂等，对环境也不会造成影响。此外，锂离子电池可重复利用。
基于以上几点，这两类电池成为了目前最受欢迎的电动汽车动力源。
③材料
燃料动力电池中利用聚合物膜作为电极，支持氢氧反应后萌生电能。聚合物膜非得经过特殊出产，以承受高温柔机械应力。锂离子电池中的锂离子能够吸附电荷，因此电池才拥有储电能力。锂离子的质量很轻，因此是汽车理想的动力源。
不管是燃料动力电池系统还是锂离子动力锂电池，发生安全性事故的后果都是极其严重的。但是假如仅仅从系统控制的角度而言，笔者个人认为，燃料动力电池在安全性影响因素的可控性方面要比锂离子动力锂电池相对而言更容易控制。
燃料动力电池汽车是汽车电池的另一个紧要方向，和锂离子电池放在一起比较，燃料动力电池的优缺点都很分明。但是从长远的角度讲，燃料动力电池和锂离子电池哪种会在将来被广泛使用还未可知。
将来哪种电池能占上风还取决于两种电池的瓶颈是不是能被很好地处理，锂离子电池面对的关键技术有能量密度提升，安全性，热管理等；燃料动力电池面对着成本高、耐久性不足、冷启动困难、系统集成优化不足等瓶颈。短时间来看，锂离子电池更适用，而长期来看燃料动力电池更加可继续。
