根据不同种类的燃料动力电池采用了不同的电解质，有酸性、碱性、熔融盐类或固体电解质。在燃料动力电池中燃料与氧化剂经催化剂的用途，在能量转换过程中，经过电化学反应生成电能和水(H2O)，因此，不会出现氮氧化物(NOX)和碳氢化合物(HC)等对大气环境造成污染的气体排放。燃料动力电池与普通蓄电池的差别在于：
1.燃料动力电池是一种能量转换装置，在工作时必须有能量(燃料)输入，才能产出电能。普通蓄电池是一种能量储存装置，必须先将电能储存到电池中，在工作时只能输出电能，在工作时不要输入能量，也不出现电能，这是燃料动力电池与普通电池本质的差别。
2.一旦燃料动力电池的技术性能确定后，其所能够出现的电能只和燃料的供应有关，只要供给燃料就可以出现电能，其放电特性是持续进行的。普通蓄电池的技术性能确定后，只能在其额定范围内输出电能，而且必须是重复充电后才可能重复使用，其放电特性是间断进行的。
3.燃料动力电池本体的质量和体积并不大，但燃料动力电池要一套燃料储存装置或燃料转换装置和附属设备，才能获得氢气，而这些燃料储存装置或燃料转换装置和附属设备的质量和体积远远超过燃料动力电池本身，在工作过程中，燃料会随着燃料动力电池电能的出现逐渐消耗，质量逐渐减轻(指车载有限燃料)。普通蓄电池没有其他辅助设备，在技术性能确定后，不论是充满电还是放完电，蓄电池的质量和体积基本不变。
