振实密度较低。一般只能达到0.8-1.3，低的振实密度可以说是磷酸铁锂的很大缺点。所有磷酸铁锂正极材料决定了它在小型电池如手机电池等没有优势，所以其使用范围受到一定程度的限制。
磷酸铁锂离子电池低温性能差。尽管人们通过各种方法(例如锂位、铁位、甚至磷酸位的掺杂改善离子和电子导电性能，通过改善一次或二次颗粒的粒径及形貌控制有效反应面积、通过加入额外的导电剂新增电子导电性等)改善磷酸铁锂离子电池的低温性能，但是磷酸铁锂材料的固有特点，决定其低温性能劣于锰酸锂等其他正极材料。
电池存在一致性问题。单体磷酸铁锂离子电池寿命目前超过2000次，但电池组的寿命会大打折扣，有可能是500次。在现有的条件下，由于种种原因，制作出来的电池一致性不佳，进而影响到电池的使用性能和整体寿命。
低温条件下，磷酸铁锂离子电池的有效放电容量和有效放电能量都会有明显的下降，同时其在低于-10℃的环境下几乎不可充电，这严重制约着锂离子电池的应用。
