一、性质不同
1、磷酸铁锂离子电池：是用磷酸铁锂作为正极材料的锂离子电池。
2、三元锂离子电池：是正极材料使用镍钴锰酸锂或者镍钴铝酸锂的三元正极材料的锂离子电池。
二、重要材料不同
1、磷酸铁锂离子电池：锂离子电池的正极材料重要有钴酸锂、锰酸锂、镍酸锂、三元材料、磷酸铁锂等。其中钴酸锂是目前绝大多数锂离子电池使用的正极材料。
2、三元锂离子电池：三元复合正极材料是以镍盐、钴盐、锰盐为原料，里面镍钴锰的比例可以根据实际要调整。
三、应用不同
1、磷酸铁锂离子电池：大型电动汽车辆：公交车、电动汽车、景点游览车版及混合动力车等；轻型电动汽车：电动自行车、高尔夫球车、小型平板电瓶车、铲车、清洁车、电动轮椅等；电动工具：电钻、电锯、割草机等。
2、三元锂离子电池：广泛应用于移动和无线电子设备、电动工具、混合动力和电动交通工具等领域。
能量密度比较
磷酸铁锂离子电池单体，能量密度为120Wh/kg，磷酸铁锂离子电池组为80Wh/kg；三元锂离子电池单体，能量密度为180Wh/kg，成组后能量密度为110Wh/kg。从数据上来看，在能量密度方面，三元锂离子电池优于磷酸铁锂离子电池。
安全性比较
三元锂离子电池液态电解质易燃易爆，在长期使用过程中容易触发热失控，在充放电过程中锂枝晶的生长容易刺破隔膜，引起电池短路，造成安全隐患。而磷酸铁锂离子电池包在实际使用中具有耐高温、安全稳定性强、循环性能更好的优势。
成本方面
由于磷酸铁锂离子电池不含有贵重金属材料，因此原材料成本就可以被压缩的非常低廉。而三元锂离子电池是以镍钴锰酸锂做为正极材料，石墨作为负极材料的锂离子电池，因此成本会比磷酸铁锂离子电池贵很多。
应用领域
根据电车汇数据智库部数据显示，新能源客车的电池重要为磷酸铁锂离子电池，使用锰酸锂离子电池的客车也占比较高，而三元锂离子电池因为其优势成为乘用车商业化首选。
