成本
成本高、制氢过程复杂成为燃料动力电池发展的重要障碍。氢气通过电解或蒸汽重组的方法得到。不过这两种方法成本颇高，制造同样质量的天然气所需的成本为制氢的1/2甚至1/3。
锂离子电池生产成本相对较低，此外其重复充电利用非常方便，相比其他可携带能源，其具有更高的成本效益。
环境影响
燃料动力电池和锂离子电池对环境的影响都很小。前者燃烧产物为水，不会出现汽油/柴油燃烧后生成的温室气体。
锂离子电池的放电产物可能由氧化锂、氢氧化锂等，对环境也不会造成影响。此外，锂离子电池可重复利用。
潜力
无论燃料动力电池还是锂离子电池，相关的技术均还有大量进步的空间。假如燃料动力电池的成本能够降低，则能够真正作为汽油/柴油燃料的替代能源。
关于锂离子电池来说，假如其能量密度能够进一步提高，循环寿命能够更长，则也是一种非常优秀的驱动能源。
挑战
关于燃料动力电池来说，还有多项技术难题等待解决。例如，铂催化剂的高成本、密封技术的复杂工艺、体积庞大的储氢罐以及启动时间较长等问题。
