整个氢能产业链构成包括氢气制备、氢气储运及加注，和氢气应用。其中氢气制备是氢能应用的基础，氢气的储运及加注是氢能应用的核心保障，不同方向的应用是氢能实用化的重要途径和最佳表现形式。根据产业链所处位置不同，链条上的公司大致可细分为三个部分：
上游，重要包含氢资源的生产、运输等；
中游，为燃料动力电池系统，重要是电堆和氢气储存设备及配件；
下游，是应用板块，包括加氢站、新能源汽车应用等。
分清了这三个环节，下面我们就来看看每个部分所面对的问题和挑战：
一、关键技术难攻克
了解燃料动力电池电堆部件的人，对燃料动力电池的核心技术质子交换膜不会陌生，然而截至目前，全球能够商业化供应氢燃料动力电池质子交换膜材料的公司除了美国杜邦，再无他家。日本境内也有一家公司同样可以生产，但出于众所周知的原因，这家公司拒绝对任何国家销售该产品。
二、成本过高
1、燃料动力电池车相对独立复杂的动力系统直接导致燃料动力电池车的成本新增。比如：丰田Mirai售价6.9万美元，远高于其他动力形式的同级别车辆。
2、数据显示，目前，建成一座加氢能力大于200公斤的加氢站要1000多万元，如此高昂的建设成本显然是加氢站快速发展的最大障碍。
3、在目前技术条件下，氢燃料动力电池的催化剂是铂金。铂金全世界产量很低且价格昂贵（大概是黄金的2倍），全球年产量约为两百吨，60%还被用作首饰材料。而且铂作为催化剂对氢气纯度要求较高，要达到99.99%以上。
三、安全问题
燃料动力电池加氢的背后，要一整套氢能源生产和运输网络作为支撑。氢气本身的安全问题、加注氢燃料时的安全及操作过程中的安全问题都要解决好。普遍来说，加氢站储氢装置应该满足能承受高压、具备在线监测功能、发生危险自动报警、良好的经济性要求。显然，满足这些要求的加氢站在初期的建设成本不会低。
