关于锂离子电池的激活问题，众多的说法是：充电时间一定要超过12小时，反复做三次，以便激活电池。这种前三次充电要充12小时以上的说法，明显是从镍电池（如镍镉和镍氢）延续下来的说法。所以这种说法，可以说一开始就是误传。经过抽样调查，可以看出有相当一部分人混淆了两种电池的充电方法。
锂离子电池的前三次充电正确的方法和注意事项前三次充电时完全没有必要进行超常时间充电比如12小时来激活电池，充电电路本来就有保护，插上也没用的。长时间放置未用，或者频繁即充即用一段时间后，方法就是一次完全的充放电，之后电池就可以即用即充，只有在长时间使用后才要再次进行再次完全充放电重新校正。
超长时间充电和完全用空电量会造成过度充电和过度放电，将对锂离子电池的正负极造成永久的损坏，从分子层面看，过度放电将导致负极碳过度释出锂离子而使得其片层结构出现塌陷。过度充电将把太多的锂离子硬塞进负极碳结构里去，而使得其中一些锂离子再也无法释放出来．这也是锂离子电池为何通常配有充放电的控制电路的原因。
假如要长之间一块电池不用，建议充电到40%再进行放置，或者看每片电芯的电压，单片3.83V是最佳的保存电压，假如长期不使用，最好将电量降下来，以便保护电池。最后，锂离子电池的寿命重要体现在充放电周期上，这个周期是一个绝对概念，上次使用了30%电力，充满电，下次又使用了70%的电力，又充满电，这个刚好是一个充电周期。
充电方式锂离子电池相当容易充电，但充电的安全是最困难。基本的法则是以稳定电流充电，直到电池达到4.2Vpc，并且保持4.2V的电压直到充电电流掉到原先充电值的10%。此充电电压峰值与结束电流随电池制造商而有些微的不同。
但无论如何，一个充电的按时器必须包含安全的设计。当电池达到4.2Vpc时，只达到满容量的40到70%，因此充电器不可达到此电压值时便断电，而必须继续充电，直到出现电流降后，再以低电流情况停止充电。因此，若使用普通充电器即使通过电压表查看到电压升到4.2V，其实电池并未完全充饱，至少有60%以下的容量未被利用。因此一台带有先恒流再恒压充电功能的锂充电器是非常有必要的。
