1.导电性差：目前在实际生产过程中通过在前驱体添加有机碳源和高价金属离子联合掺杂的办法来改善材料的导电性（A123、烟台卓能正采用这种方法），研究表明，磷酸铁锂的电导率提高了7个数量级，使磷酸铁锂具备了和钻酸锂相近的电导特性。
2.锂离子扩散速度慢。目前采取的解决方法重要有纳米化LiFePO晶粒，从而减少锂离子在晶粒中的扩散距离，再者就是掺杂改善锂离子的扩散通道，后一种方法看起来效果并不明显。纳米化已经有较多的研究，但是难以应用到实际的工业生产中，目前只有A123宣称掌握了LiFePO的纳米化产业技术。
3.振实密度较低。般只能达到0.8-1.3，低的振实密度可以说是磷酸铁锂的最大缺点。但这一缺点在动力锂电池方面不会突出。因此，磷酸铁锂重要是用来制作动力锂电池。
4.磷酸铁锂离子电池低温性能差。在0℃时的容量保持率约60~70%，
-10℃时为40~55%，-20℃时为20~40%。这样的低温性能显然不能满足动力电源的使用要求。当前一些厂家通过改进电解液体系、改进正极配方、改进材料性能和改善电芯结构设计等使磷酸铁锂的低温性能有所提升。
电子导电率低、离子扩散系数低、振实密度不高、合成成本略高
