燃料动力电池发展的重要障碍就是成本高、制氢过程复杂，整个加氢和供氢的配套网络则要从头建设。氢气通过电解或蒸汽重组的方法得到。不过这两种方法成本颇高，制造同样质量的天然气所需的成本为制氢的1/2甚至1/3。
锂离子电池生产成本相对较低，此外其重复充电利用非常方便，相比其他可携带能源，其具有更高的成本效益。
性能比较
虽然各国都在大力推广电动汽车，但其占比依然很低。其根源就在于电动汽车违反了能量密度提升这一变革逻辑。哪怕是最新一代的锂离子电池车，其能量密度极值也只有汽油的1/40。
而燃料动力电池的出现却彻底改变了这一现状。其能量密度是汽油的3倍，电动机的做功效率还是内燃机的2倍，实际密度是汽油的6倍，优势明显。
安全比较
锂离子电池作为封闭的能量体系，从原理上高能量密度和安全性就很难兼容，否则就等同于炸弹。因此现在主流工艺路线中，能量密度低的磷酸铁锂安全性却较好，电池温度达到500-600度时才开始分解，基本不要太多的保护辅助设备。
综合上述激烈的比较情况里看，燃料动力电池无疑是未来社会发展的重点工程项目。燃料动力电池使用的燃料是氢气，目前的来源重要还是石化产业的副产物，而电解水制氢效费比较低，光解水目前还处在实验室阶段离产业化还很遥远，也就是说燃料动力电池实际上还是与石油产业紧密关联的，FC-EV并没有打破目前汽车工业和石油产业这种紧密联系的战略格局。而锂电纯电动汽车情况则大不相同，电动汽车充电的电能来源具有多样性并不仅仅局限于电网体系，而电网体系也就是大能源产业跟石化产业的依赖程度各国的情况并不一致，比如我国目前以煤电为主法国以核电为主而美国则是以油气为主但能源结构多元化，但总体而言电网对石化产业的依赖程度并没有汽车产业那么紧密。
