优点
燃料动力电池对环境无污染。它是通过电化学反应，而不是采用燃烧（汽、柴油）或储能（蓄电池）方式－－最典型的传统后备电源方法。燃烧会释放象COx、NOx、SOx气体和粉尘等污染物。如上所述，燃料动力电池只会出现水和热。假如氢是通过可再生能源出现的（光伏电池板、风能发电等），整个循环就是彻底的不出现有害物质排放的过程。
燃料动力电池运行安静，噪声大约只有55dB，相当于人们正常交谈的水平。这使得燃料动力电池适合于室内安装，或是在室外对噪声有限制的地方。
燃料动力电池的发电效率可以达到50%以上，这是由燃料动力电池的转换性质决定的，直接将化学能转换为电能，不要经过热能和机械能（发电机）的中间变换。
不足
氢气不像氮气和氧气是空气中的最重要组成元素，想得到氢气可以通过电解水，但这可是个不太经济的方法，能量损失极大。此法先从电解水开始，耗费电能，出现氢气，氢气再发电过程中还会有能量损失。目前最好的电解水系统的能量转化率只有80%，并不怎么高效。
再来看甲烷转化氢气方面，蒸汽要加热到700-1000摄氏度，然后与甲烷结合生成氢气和一氧化碳，以及少量二氧化碳，美国有95%的氢气通过这种方法来制造。甲烷转化虽然要更划算，但却会造成污染。有研究显示，甲烷基础设施的泄露情况比原先想象的还糟糕（最高达7%）。而作为温室气体，甲烷的温室效应是二氧化碳的86倍。假如你想要一辆百分百环保的燃料动力电池汽车，就必须以不造成污染的方式来制造氢气，这并不容易。
