1、金属锂的沉积：一般发生在负极表面。由于一定的原因，锂离子在迁移到负极表面时，部分锂离子没有进入负极活性物质形成稳定的化合物，而是获得电子后沉积在负极表面成为金属锂，并且不再参与后续的循环过程，导致容量下降。
2、正极材料的分解：作为正极材料的含锂金属氧化物，虽然具有足够的稳定性但在长期的使用过程中仍然会不断的分解，出现一些电化学惰性物质以及一些可燃性气体，破坏了电极间的容量平衡，造成容量的不可逆损失。这种情况在过充电情况下尤为明显，有时甚至会发生剧烈的分解和气体释放，不但影响电池容量还会造成严重的安全风险。
3、电解质的影响：在不断的循环过程中，电解质由于化学稳定性和热稳定性的局限会不断发生分解和挥发，长期累积下来导致电解质总量减少，不能充分的浸润正负极材料，充放电反应不完全造成实际使用容量的下降。
4、外部使用因素：锂离子电池有合理的使用条件和范围，如充放电截止电压、充放电倍率、工作温度范围、存储温度范围等。但是在实际使用中超出允许范围的滥用情况非常普遍，长期的不合理使用会导致电池内部发生不可逆的化学反应，造成电池机理的破坏，加速电池的老化，造成循环寿命的迅速下降，严重时还会造成安全事故。
关于锂离子电池的"激活"问题，众多的说法是：充电时间一定要超过12小时，反复做三次，以便激活池。这种"前三次充电要充12小时以上"的说法，明显是从镍电池（如镍镉和镍氢）延续下来的说法。所以这种说法，可以说一开始就是误传。锂离子电池和镍电池的充放电特性有非常大的差别，而且可以非常明确的告诉大家，过充和过放电会对锂离子电池、特别是液体锂离子电池造成巨大的伤害。因而充电最好按照标准时间和标准方法充电，特别是不要进行超过12个小时的超长充电。很多手机说明书上介绍的新电池充电一定要超过十二小时的说法都是错误的!
此外，锂离子电池的手机或充电器在电池充满后都会自动停充，并不存在镍电充电器所谓的持续10几小时的"涓流"充电。也就是说，假如你的锂离子电池在充满后，放在充电器上也是白充。此外在对某些手机上，充电超过一定的时间后，假如不去取下充电器，这时系统不仅不停止充电，还将开始放电-充电循环。也许这种做法的厂商自有其目的，但显然对电池和手机/充电器的寿命而言是不利的。
此外，不可忽视的另外一个方面就是锂离子电池同样也不适合过放电，过放电对锂离子电池同样也很不利。
