18650锂离子电池的结构特点和国家标准规定的充电制度，应该选取小于电量池容1/5的电流充电器(关于小容量的18650电池组，我们完全可以选取0.5C的充电电流)，市面上，18650电池的容量多在1800~2600mAh之间，选取的锂离子电池充电器就应在350~500mAh之间，充电器的正确选择，既可以防止大电流对电池的破坏，也可以争取在安全范围内使得充电时间最短，从这种意义上来看，选择充电器是18650电池充电方法中第一重要的。
在选好的充电器上，18650电池充电方法是分两个步骤的：先恒流再恒压。第一步是恒流充电至电压升到4.2V附近，第二步是在电压达到充电器设置值后转入恒压充电，恒压充电时，电压不变，电流逐渐减小，待电流减小到0.02C时停止充电。
关于没有保护板的18650电池，则要改进18650电池充电方法，以利于形成提高电池性能的长效机制，具体来说就是：关于新启用的或者长期搁置的18650锂离子电池要进行两三次深度充放电，这有助于电池在负极形成一层保护膜，防止电池钝化，而关于有保护板的电池，就不要这样。
因为锂离子电池没有记忆效应，在理论上可以随时充电随时放电，但是，长期在电量尚很充足的情况下充电也还是会影响电池总功效的。18650电池充电方法的重要一点因此是：不要在电池电量刚刚用去20~30%的时候就急于充电，因为这种四五次浅放电相当于一次满放电，试验表明，浅放电最后的结果是：采用频繁放电式的18650电池充电方法能够供应的总电量会少于正常(带电量85%~90%)放电式的18650电池充电方法能够供应的总电量，平均近1/4，判断正常补电时间的方法也很简单，只要18650电池的电量达到那一时刻，用电器具就会发出指示信号。
