磷酸铁锂离子电池一般被认为是不含任何重金属与稀有金属(镍氢电池需稀有金属)，无毒(SGS认证通过)，无污染，符合欧洲RoHS规定，为绝对的绿色环保电池证。所以锂离子电池之所以被业界看好，重要是环保考量，因此该电池又列入了十五期间的863国家高科技发展计划，成为国家重点支持和鼓励发展的项目。随着我国加入WTO，我国电动自行车的出口量将迅速增大，而进入欧美的电动自行车已要求配备磷酸铁锂离子电池。
但有专家表示，铅酸电池造成的环境污染，重要发生在公司不规范的生产过程和回收处理环节。同理，磷酸铁锂离子电池属于新能源行业不错，但它也不能防止重金属污染的问题。金属材料加工中有铅、砷、镉、汞、铬等都有可能会释放到灰尘和水中。锂离子电池本身就是一种化学物质，所以有可能会出现两种污染：一是生产工程中的工艺排泄物污染；二是报废以后的电池污染。
磷酸铁锂离子电池也有其缺点：例如低温性能差，正极材料振实密度小，等容量的磷酸铁锂的体积要大于钴酸锂等锂离子电池，因此在微型电池方面不具有优势。而用于动力锂电池时，磷酸铁锂离子电池和其他电池相同，要面对电池一致性问题。
