锂离子电池的正极材料通常有锂的活性化合物组成，负极则是特殊分子结构的碳。常见的正极材料重要成分为LiCoO2，充电时，加在电池两极的电势迫使正极的化合物释出锂离子，嵌入负极分子排列呈片层结构的碳中。放电时，锂离子则从片层结构的碳中析出，重新和正极的化合物结合。锂离子的移动出现了电流。
化学反应原理虽然很简单，然而在实际的工业生产中，要考虑的实际问题要多得多：正极的材料要添加剂来保持多次充放的活性，负极的材料要在分子结构级去设计以容纳更多的锂离子；填充在正负极之间的电解液，除了保持稳定，还要具有良好导电性，减小电池内阻。
虽然锂离子电池很少有镍镉电池的记忆效应，记忆效应的原理是结晶化，在锂离子电池中几乎不会出现这种反应。但是，锂离子电池在多次充放后容量仍然会下降，其原因是复杂而多样的。重要是正负极材料本身的变化，从分子层面来看，正负极上容纳锂离子的空穴结构会逐渐塌陷、堵塞；从化学角度来看，是正负极材料活性钝化，出现副反应生成稳定的其他化合物。物理上还会出现正极材料逐渐剥落等情况，总之最终降低了电池中可以自由在充放电过程中移动的锂离子数目。
过度充电和过度放电，将对锂离子电池的正负极造成永久的损坏，从分子层面看，可以直观的理解，过度放电将导致负极碳过度释出锂离子而使得其片层结构出现塌陷，过度充电将把太多的锂离子硬塞进负极碳结构里去，而使得其中一些锂离子再也无法释放出来。这也是锂离子电池为何通常配有充放电的控制电路的原因。
不适合的温度，将引发锂离子电池内部其他化学反应生成我们不希望看到的化合物，所以在不少的锂离子电池正负极之间设有保护性的温控隔膜或电解质添加剂。在电池升温到一定的情况下，复合膜膜孔闭合或电解质变性，电池内阻增大直到断路，电池不再升温，确保电池充电温度正常。
而深充放能提升锂离子电池的实际容量吗？专家明确地告诉我，这是没有意义的。他们甚至说，所谓使用前三次全充放的激活，在他们两位博士的知识里，也想不通这有什么必要。然而为何很多人深充放以后BatteryInformation里标示容量会发生改变呢?后面将会提到。
锂离子电池一般都带有管理芯片和充电控制芯片。其中管理芯片中有一系列的寄存器，存有容量、温度、ID、充电状态、放电次数等数值。这些数值在使
用中会逐渐变化。我个人认为，使用说明中的使用一个月左右应该全充放一次的做法重要的用途应该就是修正这些寄存器里不当的值，使得电池的充电控制和标称容量吻合电池的实际情况。
充电控制芯片重要控制电池的充电过程。锂离子电池的充电过程分为两个阶段，恒流快充阶段（电池指示灯呈黄色时）和恒压电流递减阶段(电池指示灯呈绿色闪烁。恒流快充阶段，电池电压逐步升高到电池的标准电压，随后在控制芯片下转入恒压阶段，电压不再升高以确保不会过充，电流则随着电池电量的上升逐步减弱到0，而最终完成充电。
