先从制氢环节来看，一般工业制氢采取的是电解水方式，但这种方式能耗很高。北京理工大学新能源汽车技术专家林程表示，氢能要讲究效率，电解水要发生两次化学反应，能耗相当高。除了这种工业制氢外，氢气从废气中也会排放出来，但氢气的提纯、压缩以及制备还是需要一定的能耗。整体来看，氢气的制取成本较高。
从燃料电池构成的成本来看，电堆是其主要组成部分，其他材料包括石墨、聚合物膜、钢等。过去，电堆中主要使用铂金催化剂，但其资源稀缺且成本较高，随着技术的进步，铂金催化剂的使用比例已有所降低。不过，与国际水平相比，国内燃料电池成本依然较高。
中国工程院院士衣宝廉曾表示，国内车用燃料电池电堆的体积比功率均在每立升2千瓦以下，国际已大于3千瓦，国内使用同样体积的材料只能提供三分之二的功率，因此电堆成本高于国际水平。再加上关键材料与部件的进口导致车用燃料电池系统很贵，整车造价高。
海马集团董事长景柱指出，氢燃料电池技术，中国和日本大概差了20年。林程表示，系统方面没太大问题，模组和单体等核心技术还得依靠国外，中国在最核心领域没有自己的东西，如果大规模发展燃料电池汽车，会对国外形成严重依赖。
除了技术问题，燃料电池汽车基础设施建设成本高昂，也制约了其发展速度。截至2018年，中国共有25座建成的加氢站，但多数仅供示范车辆加注使用，暂未实现全商业化运营。根据交能网数据，目前国内加氢站建设成本较高，建设和运营经验也很欠缺，中国一个日加氢能力为200kg的加氢站成本约为1000万元，远高于充电桩建设投入。上海一个建设成本2000多万的加氢站，只能给20~30辆车充电。中国加氢站的建设成本为海外的1.5~2倍，且中国国土面积较大，难以大规模铺开。此外，氢气的运输条件也十分苛刻，运输难度和要求较高。
从使用便利性来看，氢燃料电池车的加氢流程与燃油车加油相似，仅需3~5分钟即可完成，优于纯电动车，更加符合消费者的用车需求和习惯，但加氢过程中需要进行静电消除、手机禁止带入等严格、繁琐的准备要求，又会成为消费者的困扰。
工业和信息化部新闻发言人黄利斌认为，中国氢燃料电池汽车在基础材料、关键零部件、系统集成等方面与国际先进水平还存在差距，整车成本较高，氢能基础设施建设也相对滞后。氢燃料电池汽车的发展不仅是一个技术问题，还依赖于整体氢能产业链的发展及相关的政策、标准、法规的不断优化完善，某种程度上比电动汽车的推广难度可能还要大。但在未来，氢燃料电池汽车将与纯电动汽车长期并存互补。
高补贴的催热效应
国外市场研究机构InformationTrends公布的2018年全球氢燃料电池车市场报告显示，2013~2017年间全球氢燃料电池汽车累计销量6475辆，除美国加州外，丰田氢燃料电池汽车占剩余销量75%。其中，丰田（TM.N）、本田(HMC.N)和现代在氢燃料汽车领域布局较早。2013年，现代汽车集团首次量产独立研发的氢燃料电池板ix35FCEV，成为全球首家量产氢燃料电池汽车的制造商，一次加氢续驶里程可达594公里。丰田和本田的首款量产氢燃料电池车Mirai、Clarit分别于2014年和2015年推出，续航里程分别为550km、750km。福特、通用、宝马、奔驰等车企也已在研发燃料电池车型。
中国不少企业也已经提出了燃料电池汽车计划，但从技术储备到基础设施建设都相对落后，然而政策的拉动有可能会催热中国燃料电池车的发展。
2018年，中国燃料电池乘用车按燃料电池系统的额定功率进行补贴，补贴标准为6000元/kW，补贴上限为20万元/辆；轻型燃料电池客车/货车以及大中型客车/中重型货车依然采用定额补贴方式，补贴上限分别为30万元/辆和50万元/辆。乘用车燃料电池系统的额定功率不小于10kW，商用车燃料电池系统的额定功率不小于30kW。
2019年补贴新政规定，过渡期期间（2019年3月26日~2019年6月25日）销售上牌的燃料电池汽车按2018年对应标准的0.8倍补贴；过渡期后，不再对电动车给予购置补贴，但这并不包括燃料电池和新能源公交车，其政策将会另行公布，同时将强化对加氢站基础设施建设补贴。
