与传统的内燃机相比，锂电池对环境的影响要小得多，而PEMFC对环境则几乎不造成任何污染。PEMFC的环境特性主要考察锂电池工作时及其排放产物对环境造成的影响。PEMFC工作时对环境的影响主要是噪音，由于锂电池内部发生的是电化学反应，而且不需要运动部件传递能量或做功，因此没有运动部件工作产生的噪音和振动。事实上，对于功率大于0.5~1.0kW的PEMFC系统来说，它还需要配备有泵(气泵或水泵)、转换器和其他辅助设施，尽管如此，相对其他产生动力的设备或装置而言，大型锂电池电源工作时都是相当安静和平稳的，其产生的噪音仅与家用空调设备相当。
